Au début du XVIᵉ siècle, le mode de gouvernement de l’abbaye de Malnoue connaît une évolution particulière. Les abbesses ne sont plus élues à vie mais pour une durée limitée de trois années. Cette organisation, attestée par la Gallia Christiana, constitue une période de transition dans l’histoire de l’établissement.

L’abbesse continue d’exercer les mêmes responsabilités spirituelles et administratives que ses prédécesseures. Toutefois, la limitation de son mandat introduit un renouvellement régulier de la direction de la communauté. À l’issue des trois années, une nouvelle élection peut être organisée, permettant à une autre religieuse, ou parfois à la même, d’accéder de nouveau à cette fonction.

Cette période reflète les évolutions que connaissent plusieurs établissements religieux au début du XVIᵉ siècle, avant que le pouvoir royal n’intervienne progressivement dans la nomination des abbesses des grandes abbayes du royaume.