À la fin du XVe siècle, le royaume de France retrouve progressivement la stabilité après les longues épreuves de la guerre de Cent Ans. Sous le règne de Louis XII, les établissements religieux entreprennent de profondes réformes destinées à restaurer la discipline monastique et à redonner aux communautés leur vigueur spirituelle.

C’est dans ce contexte que Marie de Savoie est appelée à Malnoue. Issue d’une illustre famille dont plusieurs membres occupèrent les évêchés de Bellay et de Chaumont, elle est formée dans l’ordre de Fontevraud, réputé pour l’exigence de sa règle et la qualité de son gouvernement. À la demande d’Étienne Poncher, évêque de Paris, elle reçoit la mission de réformer l’abbaye.

Les documents la qualifient de « commise » ou de « déléguée », ce qui laisse penser qu’elle n’exerçait pas la charge d’abbesse au sens traditionnel, mais qu’elle gouvernait le monastère au nom de l’autorité ecclésiastique afin d’y conduire une réforme profonde.

Sous son administration, la discipline religieuse est réorganisée et plusieurs règles nouvelles sont instaurées. La plus importante prévoit que la dignité d’abbesse soit désormais exercée pour une durée de trois ans, ouvrant la voie au régime des abbesses triennales qui marquera durablement l’histoire de Malnoue.

Marie de Savoie veille également à la restauration matérielle de l’abbaye. Grâce au soutien de généreux bienfaiteurs, parmi lesquels David Chambellan, doyen de l’église de Paris, et Charlotte de Bourbon, les bâtiments sont réparés, le dortoir est couvert, les stalles du chœur sont réalisées et le mobilier liturgique considérablement enrichi. En 1510, elle fait également acquérir une part importante de la seigneurie de Malnoue, renforçant ainsi les ressources du monastère.

En 1515, sa mission de réforme achevée, Marie de Savoie quitte Malnoue. Son œuvre marque une étape décisive dans l’histoire de l’abbaye, en assurant sa renaissance spirituelle, matérielle et institutionnelle au début du XVIᵉ siècle.