À partir de 1544, l’abbaye royale de Malnoue entre dans une nouvelle phase de son histoire. Les abbesses ne sont plus élues par la communauté religieuse mais désignées par le roi de France, puis confirmées par l’autorité ecclésiastique. Cette évolution traduit le renforcement progressif de l’influence de la monarchie sur les grands établissements religieux du royaume.

Les abbesses appartiennent désormais le plus souvent aux plus illustres familles de la noblesse française. Elles conservent l’autorité spirituelle sur la communauté ainsi que la responsabilité de l’administration du domaine de l’abbaye. Elles veillent à la gestion des biens, des revenus et des bâtiments, tout en représentant l’établissement auprès des autorités royales et religieuses.

Sous leur gouvernement, l’abbaye poursuit sa mission religieuse mais s’inscrit désormais dans un contexte où les décisions de la Couronne influencent directement la vie des institutions ecclésiastiques. Ce mode de nomination demeure en vigueur jusqu’à la suppression de l’abbaye à la veille de la Révolution française.