Le 7 janvier 1467, Jeanne II la Pichonne promet obéissance à l’évêque et à l’Église de Paris avant de prendre la tête de l’abbaye royale de Malnoue. Elle succède à Petronille Choisis dans une période où le royaume de France retrouve progressivement la paix après la guerre de Cent Ans. Sous les règnes de Louis XI puis de Charles VIII, le pouvoir royal se renforce tandis que les campagnes d’Île-de-France se relèvent lentement des destructions provoquées par plusieurs décennies de conflits.

À Malnoue, les conséquences de la guerre demeurent cependant profondes. Les bâtiments ont souffert, les revenus du monastère sont affaiblis et la communauté religieuse doit être réorganisée. Jeanne II poursuit alors l’œuvre de restauration engagée par sa prédécesseure afin de redonner à l’abbaye sa stabilité spirituelle et matérielle.

Sa nécrologie fait un éloge appuyé de son gouvernement. Elle lui attribue le rétablissement de l’office divin, interrompu pendant vingt-quatre années à la suite des invasions ennemies, ainsi que la restauration de l’église et de l’ensemble de ses dépendances. Elle s’attache également à reconstituer les ressources du monastère en récupérant plusieurs biens, notamment la maison de la « source secrète de Segray » avec toutes ses appartenances.

Après avoir dirigé l’abbaye pendant plus de vingt ans, Jeanne II quitte volontairement sa charge en 1488. Elle meurt en 1490 et est inhumée dans la chapelle Saint-Nicolas, qu’elle avait elle-même fait restaurer. Son abbatiat marque une étape essentielle dans le retour à une vie religieuse régulière et dans la reconstruction durable du patrimoine de l’abbaye de Malnoue.